FileVaultをオンにしていると、「ホーム」フォルダの内容が暗号化されるため、より上の階層のフォルダやディスク／ボリューム全体を対象に手動スキャンした場合、「ホーム」フォルダ内の個々のファイルをスキャンできません。そのため、本来よりスキャンが早く完了します。「ホーム」フォルダ内のファイルをスキャンしたい場合は、「ホーム」フォルダか「ホーム」フォルダ内のフォルダ／ファイルを指定してスキャンすることで、正常にスキャンできます。